Добрый день!
Если честно не смог разобраться в вашей конструкции. Первый и главный вопрос - почему не используете готовый драйвер мотора?
Если я правильно понял - главный "затык" в том, что Про Мини не справляется с параллельными процессами, но до того, что я мог бы вам предложить - использовать прерывания, вы додумались сами. Я бы с радостью помог вам, но мне нужно более детальное описание задания.