Hola...
Me deja algunas dudas lo que necesitas, pero me ofrezco para ayudarte en lo que pueda.
Hacer la app para enviar (y recibir si es necesario) comandos vía bluetooth es relativamente sencillo, porque ese puerto justamente está hecho para eso y una vez que Android se conecta con algún otro dispositivo mediante BT puede enviar y recibir comandos en formato de texto.
Enviar comados por el Jack de audio es bastante más complicado, necesitas del otro lado tener algo que pueda "leerlos" y en el medio una electrónica que convierta las señales.
Enviar comandos vía usb, se hace cada vez más complicado en las versiones 4 y superiores... se puede, pero además de la tablet o el teléfono se necesita algún tipo de adaptador (usb rs232) y en algunos casos, además, rootear el teléfono.
De cualquier forma de manera flexible y partiendo de las necesidades más sencillas para luego ir incorporando funcionalidad