Cordial saludo.
He tenido experiencia en comunicar dispositivos con protocolos propietarios. Para ser especifico, logre conectar un PLC Siemens con una cámara militar Controp. Y estuve involucrado en un proyecto para convertir el protocolo de otra cámara Controp con el protocolo comercial Pelco-P. Este ultimo fue desarrollado con un microcontrolador PIC.
Como Ud. lo ha dicho, trabajar con Arduino facilita el tiempo de desarrollo, ya que esta tecnología está hecha para ser fácilmente adoptada y luego de programar simplemente se puede descargar y probar en la Board Mega 2560. Si los estándares de voltage entre componentes, en este caso el Arduino y la tarjeta, son compatibles la conexión se podría hacer sin necesidad si necesidad de hardware adicional.
Basado en su descripción, su, la idea es programar en Arduino un protocolo de comunicacion compatible con su tarjeta. Adicional a esto, que el Arduino genere algún comportamiento en la tarjeta y enviar lo que la tarjeta responda a otro dispositivo, como un computador por ejemplo.
Espero que podamos trabajar juntos, no se arrepentirá. Yo soy Ingeniero electrónico de la Universidad de Antioquia y actualmente estoy haciendo una maestría en mecatronica en Alemania.