Sou desenvolvedor PHP e C# Senior, com ampla experiência em plataforma Windows.
Olhei a descrição do seu projeto consegui entender seu requisito. Se por Batch você entende arquivos de script .bat ou .cmd, então creio que seja impossível de alterar o caminho de um atalho nativamente. Existe, pórem, uma alternativa do próprio Windows que é o VBScript. Se você estiver ok com essa solução, fique a vontade para me conceder o projeto. Depois de maiores detalhes/instruções de como o script irá funcionar poderei começar a trabalhar nele.
Caso precise estarei no chat, a disposição. Atenciosamente, Denis.